Steve Rogers, alias Capitan America, è al comando della nuova squadra degli Avengers, intenti a proseguire la loro lotta per salvaguardare l'umanità. Ma quando un altro incidente internazionale in cui sono coinvolti gli Avengers provoca dei danni collaterali, le pressioni politiche chiedono a gran voce l'installazione di un sistema di responsabilità, presieduto da un consiglio d'amministrazione che sorvegli e diriga il team. Questa nuova dinamica divide gli Avengers in due fazioni: una è capeggiata da Steve Rogers, il quale desidera che gli Avengers rimangano liberi dalle interferenze governative, mentre l'altra è guidata da Tony Stark, alias Iron Man, che ha sorprendentemente deciso di sostenere il sistema di vigilanza istituito dal governo.